我国已建成的小水电在解决无电缺电地区人口用电，促进江河治理、生态改善、经济发展等方面作出了重要贡献。社会关注小水电的生态影响，主要集中在河段减脱水、鱼类保护、水土保持等方面。要树立小水电规划的生态红线意识，实施水电能源发展的绿色低碳战略
尽管小水电是国际公认的清洁能源，但有的地方近来却对其加以限制甚至叫停。质疑者认为，“小水电开发截断河流，与民争水，破坏生态”。对此，专家认为要客观看待小水电，不能因少部分小水电的生态影响而否定其整体历史贡献，更不能错误地将小水电定性为生态祸害，关键是要对小水电科学规划和管理。
小水电是重要的民生水利基础设施和清洁能源。我国已建成的小水电在解决无电缺电地区人口用电，促进江河治理、生态改善、经济发展等方面作出了重要贡献。据水利部统计，通过开发小水电站，全国初步治理了数千条中小河流，形成水库库容2800多亿立方米，有效灌溉面积上亿亩。小水电代燃料项目实施以来，全国解决了400万农民的生活燃料，每年可减少薪柴消耗670万立方米，保护森林1400万亩。“十二五”期间，农村小水电累计发电量超过1万亿千瓦时，相当于节约3.2亿吨标准煤。
同时，也要看到，社会关注小水电的生态影响，主要集中在河段减脱水、鱼类保护、水土保持等方面。究其原因，在于受过去开发理念、技术和资金等制约，一些流域电站布局不合理，梯级电站之间的流量不匹配，有些早期建设的引水式电站，没有设计最小泄放流量，影响了河流生态和下游用水。一些地区小水电规划、设计、建设、运行和管理等还存在薄弱环节，以绿色发展为导向的约束机制有待进一步建立。
目前，全国小水电开发率为59.2%，低于发达国家80%左右的水平。尤其是西部贫困地区，小水电开发率仅为48%，潜力还很大。像瑞士、法国等欧洲国家，小水电开发率达97%，也并没有限制开发。从技术水平看，我国小水电技术成熟，勘测、施工和设备制造都达到了国际领先水平。从能源回报看，小水电投入产出比相对较高，发电量是风电的1.5倍。可见，小水电本身禀赋没问题，其负面影响是一些地方无序开发、管理粗放造成的，根源在于制度不健全。
应当说，任何人类活动对生态环境都有影响，不只是小水电，风电、光伏也不例外，关键是如何权衡利弊。只要统筹好发电和生态的关系，小水电对局部水环境的不利影响可降至最低。通过科学规划、合理管理，上述问题可以有效遏制。新时期小水电要健康发展，实现绿色转型。从强调水能资源的充分利用，转变为有限、有序开发水能；从强调发电功能转变为更加重视发挥生态功能和综合效益。
为此，要树立小水电规划的生态红线意识。过去小水电工程大多以发电为主，现在不仅要发电、灌溉、供水，还要满足生态和景观用水需求。因此，对国家级自然保护区及其他具有特殊保护价值的地区，原则上禁止开发小水电；在生态脆弱地区和生态保护区，严格限制新建小水电。同时，应实施水电能源发展的绿色低碳战略，从高速增长向高质量发展转变。通过电站优化运行、流域梯级协作等方式，最大限度发挥水资源整体效益；按照“谁开发谁保护、谁受益谁补偿”的原则，尽快建立电价的生态补偿机制。
