水電開發是否會嚴重地破壞生態？此問題一直在國際社會上有所爭論。然而，世界各國的發展現實非常明確地告訴我們，很多水電開發程度高的國家和地區，不僅經濟發達，而且生態環境也好。這種現象在國內也非常明顯。例如，浙江的新安江水電站建設以及所形成的千島湖，不僅成為當地重要的生態屏障，有力地促進了社會、經濟發展，還成為華東地區重要的水資源戰略儲備。
新中國成立初期，國家集中有限的財力，通過開發黃河上的一些梯級水電站，治理了水患災害頻繁的黃河。特別是進入21世紀后，黃河既沒有出現過洪水災害，也沒有再發生過斷流，這些水電站有效地保障了黃河流域的生態環境和社會經濟發展。
水電開發的生態功能，除了水庫大壩對水資源的調控外，還有非常重要的一點，就是用水力替代燃煤發電，減少碳排放。目前，水電是全球替代化石能源發電的第一主力，其減排量大約為全球風、光發電之和的兩倍。三峽水電站2020年的發電量突破1118億千瓦時，當之無愧地成為節能減排功臣。
當然，事物沒有絕對的好壞。水電開發如果不夠科學合理，也不可避免地會帶來一些社會和生態問題，如大量淹沒土地造成人口遷移、阻斷河道影響魚類洄游等。水電開發需要在河道上建筑攔河大壩，這必然會影響甚至阻斷魚類洄游。因此，世界各國在進行科學的水電開發時，都會採取魚梯、魚道以及人工養殖等多種科技手段來解決這一問題。中國在上個世紀70年代建造葛洲壩水電站時，就曾花巨資建立了專門的科研機構，對中國一類保護魚類中華鱘進行人工養殖增殖研究。
進入21世紀，中國水電開發更是必須把“不利的生態影響變成有利的生態修復”放到工程建設的首位。在魚類保護上，除修建魚梯、魚道、扶助過壩、分層取水、生態調度等多種技術措施之外，各個梯級流域的重要水電站幾乎都建有當地珍稀魚類養殖增殖基地。不少在自然水域已經發生功能性滅絕的珍稀魚類，都能在水電開發的養殖增殖成功后獲得種群的有效恢復，如金沙江中的胭脂魚和達氏鱘等。
進入新時期，以“生態優先、綠色發展”為抓手的水電開發成為各個流域生態文明建設的主基調。“建成一座電站、保護一片環境、造福一方百姓”，正成為中國水電科學開發的重要發展理念。科學的水電開發不僅讓山變得更青，水變得更綠，生態環境變得更好，而且，還將為中國早日實現碳達峰、碳中和目標提供重要的支撐和保障。
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